Еврейский музей и центр толерантности включает в себя историческую экспозицию, 4D-кинотеатр, временные выставки, центр толерантности, центр авангарда, пространство для проведения публичных лекций, дискуссий и конференций, центр толерантности и детский центр.
Постоянная экспозиция рассказывает историю еврейской общины в России с середины XVIII века до наших дней — но она не имеет ничего общего с традиционными историческими экспозициями. Посетители музея изучают историю с помощью панорамных кинотеатров, аудиовизуальных инсталляций, интерактивных экранов, которые были созданы на основе уникальных фото- и видеоархивов, документов и интервью. Пройти через эпоху и своими глазами увидеть ее самые важные моменты, познакомиться с историей и традициями еврейского народа, оказаться в местечке и синагоге, посетить мемориал жертвам Холокоста — благодаря мультимедийным технологиям сделать это можно, не выходя за пределы одной музейной экспозиции. В свою очередь, пространство временных экспозиций музея полностью меняется в зависимости от тематики выставок, преображаясь из классической галереи в музей современного искусства.